У столицю Дагестану можна добратися як на поїздах далекого прямування, так і на приміських електропоїздах. Електрички відправляються до Махачкали з багатьох куточків республіки - Дербент, Хасавюрт. Регулярні рейси поїздів далекого прямування прибувають з Москви, Санкт-Петербурга, Астрахані, Волгограду, Баку, Харкова, Тюмені. У місті є дві залізничні станції - «Махачкала» і «Махачкала I сортувальна».
У місті є два автовокзалу - Головний (Північна автостанція) і Приміський (Південна автостанція). Тому, якщо у вас немає бажання добиратися до столиці Дагестану залізницею, можете скористатися автобусним сполученням. У Махачкали відправляється маршрутний транспорт і з передмість, і з далеких міст. Столиця Дагестану має пряме сполучення з Кисловодськ, Єсентуки, Дербентом, Майкоп, черкеський, Баку і Сочі. На Південну автостанцію прибувають автобуси з довколишніх населених пунктів.
Міжнародний аеропорт Уйташ приймає пасажирів з багатьох міст Росії та зарубіжжя. Регулярне пряме авіасполучення Махачкала має з Актау, Москвою, Санкт-Петербургом, Стамбулом, Єкатеринбургом, Ростовом-на-Дону, Сочі, Баку. Також є рейси з Мінеральних Вод і Шарджі (ОАЕ).
Через місто проходять три траси - М29, Р275 і Р215. Перша пролягає практично через всю територію Північного Кавказу - від південної частини Дагестану до Краснодарського краю. Після кордону з Азербайджаном траса з'єднується з М1 і веде до Баку. Р275 направляється в столицю республіки з боку Кавказьких гір, з південної частини Дагестану. По трасі Р215 до Махачкали можна потрапити з території республіки Калмикія.