Правильно вибирайте обчислювальну потужність сервера в залежності від навантаження на нього. Якщо на ньому розміщуються сайти, врахуйте, що чим вони популярніше, тим частіше до них звертаються. Встановіть програмні засоби для захисту від DoS-атак (від англ. Denial pf service). Врахуйте, що вони не допоможуть в разі DDoS-атаки (distributed denial of service), яка здійснюється одночасно з безлічі машин, заражених шкідливими програмами. Але не в усьому таких випадках винні віруси. Іноді аналогічний ефект виникає, якщо посилання на непопулярний сайт розміщують на іншому - популярному. Таке ненавмисне подобу DDoS-атаки називається Slashdot-ефектом, на честь сайту Slashdot, розміщення посилань на якому часто призводить до подібних ситуацій.
Неграмотно сконфигурированное програмне забезпечення сервера може давати збої при вступі запиту з помилкою. Якщо в URL після імені скрипта розташовується знак питання, а за ним - передаються скрипту параметри, скрипт може «вилетіти», коли одним з таких параметрів є, наприклад, занадто велике число. При складанні скрипта слід передбачити захист від передачі йому непередбачених параметрів, а також збереження в логах IP-адрес всіх авторів таких запитів.
Нерідкі випадки збоїв у роботі серверів через переповнення жорсткого диска, тому вибирати обсяг останнього потрібно з запасом. Якщо ж він раптово вийде з ладу, відбудеться не тільки збій, але і втрата даних - повна або часткова. Щоб уникнути цього, періодично робіть резервні копії.
Звісно сервера може трапитися не тільки через хакерської атаки або програмного збою. Це може статися і через низької якості мережевої напруги. Тому не слід нехтувати використанням таких пристроїв, як фільтри і джерела безперебійного живлення. Сервер може зависати і через пил в його корпусі, особливо під материнською платою, а також від здуття конденсаторів, які при цьому втрачають ємність і починають пропускати на процесор та інші вузли високочастотні пульсації. Також не слід нехтувати заземленням корпусу, адже від цього залежить не тільки електробезпека машини, але і стійкість її роботи. Не завадить також апаратний сторожовий таймер для автоматичного перезапуску при зависанні.
Навіть повністю справний і працездатний сервер може стати недоступним через збій в роботі пристроїв, що знаходяться між ним і комп'ютером користувача. Тому перш, ніж шукати несправність в сервері, обов'язково впевніться, що причина полягає не в проміжних комутаторах і роутерах.