В основі ЕМ-технології лежить уявлення про те, що мікроорганізми можна умовно розділити на три групи: позитивні, негативні і нейтральні. Для підвищення доброчинності середовища слід збільшити кількість присутніх в ній корисних організмів і зменшити кількість патогенних. Процентне співвідношення мікроорганізмів, визнаних нейтральними, не має особливого значення, оскільки вони будуть діяти відповідно до загальною тенденцією, яку забезпечують переважні мікроорганізми.
У вісімдесятих роках XX століття професор Університету Рюкю Теруо Хига підібрав комбінацію з приблизно восьми десятків бактерій і грибків, названих «ефективними мікроорганізмами». Діючи спільно, ці організми можуть надати на середу, в якій розвиваються, необхідне благотворний вплив.
На думку автора японської розробки сфера застосування нової технології досить широка. Продукти, що випускаються під торговою маркою EM, можуть бути використані в сільському господарстві для переробки органічних залишків на добрива, придушення патогенних мікроорганізмів у грунті і поліпшення її структури. Ефективні мікроорганізми також володіють можливістю перетворювати містяться в землі поживні речовини в розчинну форму, доступну для рослин. При очищенні забруднених водойм ці мікроорганізми відновлюють природні функції водної екосистеми.
Як показала практика, препарати, створені за ЕМ-технології, можуть бути використані при ліквідації наслідків стихійних лих для поліпшення санітарного стану постраждалої зони. Ефективні мікроорганізми застосовувалися в Таїланді та Індонезії після цунамі 2004 року, в 2010 році ця технологія використовувалася при усуненні наслідків землетрусу на Гаїті.
Застосування ефективних мікроорганізмів у сільському господарстві пов'язано з певними незручностями: біотехнологія передбачає відмову від традиційно використовуваних отрутохімікатів і мінеральних добрив, а в ряді випадків і від оранки грунту. Проте ця технологія застосовна в органічному землеробстві, при якому синтетичні добрива, регулятори росту, пестициди і гербіциди не використовуються.