Для підтвердження даної гіпотези наводяться факти про наявності гена гея в хромосомі Xq28 (тобто ген гомосексуалізму розташований не в статевій хромосомі). Багато вчених стверджують зворотне - гомосексуалістом стають в процесі життя під дією соціально-психологічних факторів. Для підтвердження цієї теорії були проведені численні дослідження з однояйцевими близнятами, у яких однаковий набір генів. Дослідження були проведені в США професором С.Л.Хершергером (1997), в Австралії в Квінслендськом університеті групою вчених: Дж. Бейлі, І.П.. Дунне і Н.Г. Мартіном (2000) та ін. Якби гомосексуальність була строго запрограмована, то обидва близнюки дотримувалися б гомосексуальної орієнтації в 100% випадків. Проте після проведення досліджень з'ясувалося, що обидва близнюки дотримувалися гомосексуальної орієнтації лише 30-40% випадків. Гени програмують нашу поведінку. Людина сама може слідувати або протистояти генетичним схильностям, розвивати їх (навіть гомоеротичний фантазіями) або придушувати.
У людини за сексуальну сферу відповідає гіпоталамус. А якщо точніше то, за даними Аллена і Горски, саме область гіпоталамуса INAH3 відповідає за сексуальну орієнтацію. Нейробіолог Саймон Левей (який сам був геєм) в 1991 році вивчав область гіпоталамуса INAH3. Вимірюючи ці області у померлих гетеро- і гомосексуалістів, він з'ясував, що ця зона у гомосексуалістів менше, ніж у гетеросексуалів. Був зроблений висновок, що у гетеросексуальних чоловіків розміри INAH3 в 2-3 рази більше, ніж у жінок і гомосексуальних чоловіків. Будова мозку закладається на ранніх стадіях розвитку ембріона. Виходячи з цього, Левей зробив висновок, що гомосексуальні нахили суворо запрограмовані, і людина не може змінити їх в процесі життя. Однак це твердження спростовує вчений Ніл Уайтхед (Нова Зеландія, 2011), який вивчав однояйцевих близнюків, що розвиваються в однакових передпологових умовах. За його даними, якщо один близнюк гомосексуаліст, то шанс, що і другий близнюк буде таким же, дорівнює 11% для чоловіків і 14% для жінок.
Раніше вчені припускали, що гомосексуалісти виростали в сім'ях, де не було батьків або були владні матері і пасивні отці (І. Бібер, 1962), добра і турботлива мама і «невдаха» батько (вепсів, 1965), в сім'ях, де мати не занадто проявляла любов і турботу, а батьки були добрими і уважними (Грінблат, 1966). У наслідок ці та інші психологічні теорії не були підтверджені. Дитина, що виросла в неблагополучній сім'ї, не обов'язково стане гомосексуалістом. Проведені в 2000 році в Австралії дослідження на однояйцевих близнюків, які виросли в одній сім'ї, показало, що тільки 30-40% близнюків мали однакову орієнтацію. Якби гомосексуальність була наслідком впливу батьків на дітей, то в 100% випадків близнюки мали б однакову сексуальну орієнтацію. Найімовірніше, вирішальним фактором стали унікальні події в житті одного з близнюків (сексуальне насильство) і реакція дитини на ці негативні події.