Факти, які кілька століть передаються різними істориками, свідчать, що 3 липня 1583 в царських палатах Іван Грозний, перебуваючи в нападі гніву, вдарив царевича Івана посохом, потрапивши в скроню. Від отриманої травми царевич помер. Вважається, що цар дуже сильно засмутився скоєним і довго каявся у вбивстві старшого сина. З тих пір дослідники висунули кілька версій описуваних подій, які по-різному висвітлюють вчинок російського государя.
Одна з найпоширеніших версій вбивства зв'язується з політикою. Є відомості про те, що царевич відкрито висловив свою незгоду щодо військової політики свого батька-зокрема, мова йде про Лівонській війні. Війна закінчилася не дуже вдало для Росії. Були втрачено кілька стратегічно важливих пунктів. Не виключено, що син Івана Грозного в пориві обурення різко висловився не на користь укладеного договору, що переповнило чашу терпіння царя і стало причиною гніву, що мав трагічні наслідки.
Інша версія не має відношення до зовнішньої політики, а зв'язується з сімейними негараздами. Ходили чутки, що одного ранку цар зустрів в хоромах вагітну дружину свого сина, Олену. Івана Грозного нібито розгнівав зовнішній вигляд Олени, яка не мала при собі пояси. Ходити в такому непотрібному вигляді було в ті часи непристойно, тому запальний цар в гніві дав невістці ляпас, від якої вона втратила рівновагу і впала. Результатом такого сімейного насильства став викидень. Оскаженілий царевич заступився за честь дружини, за що і був покараний смертельним ударом палиці.
Ще одна «сімейна» версія припускає, що велелюбний Іван Грозний надавав дружині свого сина явні знаки уваги, мало не схиляв до співжиття. Олена не стала терпіти такого образливого ставлення до себе і розповіла чоловікові про непривабливому поведінці царя. Розгніваний царевич, не поступався батькові у своїй запальності, міг негайно пред'явити Івану Грозному обґрунтовані претензії. Любовний скандал, на думку деяких істориків, саме і привів до сумного результату. Царевича не стало, а впавши в немилість Олена була заточена в монастир.
Одна з найбільш пізніх версій, пов'язаних з відносинами між Іваном і його сином, і зовсім спростовує сам факт вбивства. При цьому вчені посилаються на якогось безіменного ченця, який стверджував, що описувані події не мали місця в дійсності. Монах вважав, що дезінформація, що ганьбить царя, була пущена недоброзичливцями, що прагнули очорнити Івана Грозного перед поляками. За цією версією син Грозного помер своєю смертю за два роки до офіційної загальноприйнятої дати. Кожна з версій має право на існування, але достовірно підтвердити або спростувати їх у наші дні, мабуть, вже неможливо.